L’agopuntura dei microsistemi si fonda sull’osservazione che alcune parti del corpo posseggono dei punti che presentano una corrispondenza con altre strutture del corpo e, in alcuni casi (come accade nell’orecchio), con l’intero organismo. Ciò significa che tutto il corpo (o quella parte di esso e delle sue strutture e funzioni che è rappresentata) può essere disegnato in miniatura in ognuno dei microsistemi indicati.
Le corrispondenze vengono sfruttate a scopo diagnostico, preventivo e terapeutico: a scopo diagnostico perché l’alterazione di un punto del microsistema (neoformazione cutanea, arrossamento, gonfiore, dolore etc) suggerisce una malattia della struttura del corpo ad esso corrispondente, a scopo preventivo e terapeutico perché sfruttando il sistema delle corrispondenze si può stimolare ogni singolo punto di ogni microsistema per ottenere effetti a distanza sulle strutture e funzioni di riferimento.